Чтобы обезопасить Jenkinsfile в каждой ветке при слиянии веток в мультипоточном конвейере (multibranch pipeline) в Jenkins, я рекомендую использовать следующий подход:
1. Создайте отдельную ветку под названием "jenkinsfile" или "pipeline", которая будет служить основной для хранения Jenkinsfile. В этой ветке Jenkinsfile будет находиться в корневом каталоге проекта.
2. В каждой ветке вашего проекта, где требуется мультипоточная конвейерная система, создайте файл Jenkinsfile, который будет содержать конфигурацию для каждой ветки.
3. В Jenkins создайте мультипоточный конвейерный проект и настройте его так, чтобы он сканировал ваш репозиторий и автоматически определял все доступные ветки, в которых будет искать Jenkinsfile.
4. Для каждой ветки в вашем мультипоточном конвейере установите настройку для использования Jenkinsfile из соответствующей ветки вашего репозитория. Например, для нашей ветки "develop" укажите путь к Jenkinsfile в ветке "develop".
5. При слиянии веток в основную ветку, Jenkinsfile из соответствующей ветки автоматически будет использоваться в вашем мультипоточном конвейере.
Таким образом, каждая ветка будет иметь свой собственный Jenkinsfile, который будет использоваться только в рамках этой ветки, и не будет никакого воздействия на другие ветки. Это позволит вам обезопасить Jenkinsfile и предотвратить его изменение при слиянии веток в ваш мультипоточный конвейер.